El IIBT tiene dos décadas investigando las enfermedades emergentes y reemergentes. El instituto ha contribuido con el conocimiento sobre los síndromes febriles relacionados con las ETVs en humanos. Dentro de su trayectoria ha investigado sobre fiebres hemorrágicas vectores importantes en salud pública como: roedores, garrapatas, mosquitos y murciélagos.